سیستم کنترل جزء اصلی یک مرکز ماشینکاری عمودی است. دستورات اپراتور را دریافت می کند و حرکت اجزای مختلف ماشین را کنترل می کند. سیستمهای کنترل معمولاً از سیستمهای{2}CNC با دقت بالا استفاده میکنند که مسیرهای ماشینکاری پیچیده و موقعیتیابی دقیق را ممکن میسازد. از طریق کنترل دقیق سیستم کنترل، مراکز ماشینکاری عمودی میتوانند به ماشینکاری با دقت{4} بالا دست یابند و کارایی و کیفیت تولید را به طور قابل توجهی بهبود بخشند.
